Ректоратот е седиште на Универзитетот, каде се сместени највисоките раководни тела - ректор, проректори, генерален секретар, како и административните оддели кои се во функција на работењето на единиците во состав на Универзитетот „Гоце Делчев“ – Штип.

Во просториите на Ректоратот е сместена конференциската сала во која редовно се одржуваат седниците и состаноците на највисоките органи на Универзитетот, односно Универзитетскиот сенат и Ректорската управа.

Во состав на Ректоратот се наоѓаат:

 

и останати служби кои се поврзани со административната работа на Универзитетот.