Ректорската управа ја сочинуваат: ректорот, проректорите, деканите на факултетите, директорите на високите стручни школи и еден претставник на студентите од Сојузот на студентите на Универзитетот. Во работата на Ректорската управа учествува и генералниот секретар на Универзитетот, без право на одлучување. Со Ректорската управа раководи ректорот.

Ректорската управа:

  • ги подготвува и ги предлага актите и материјалите за прашања за кои одлучува Сенатот;
  • го утврдува и го објавува конкурсот за запишување на студиите од прв и втор циклус по претходна согласност од Владата на Република Македонија;
  • дава мислење за студиските програми на факултетите, односно високите стручни школи;
  • на предлог на ректорот избира и разрешува генерален секретар на Универзитетот;
  • донесува одлуки за тековната меѓународна соработка на Универзитетот;
  • го уредува издавањето на дипломи и други документи за завршени студии на високо образование;
  • утврдува предлог за висината на кофинансирање и партиципација на студентите на факултетите и високата стручна школа;
  • одлучува за издавачката дејност на Универзитетот и врши и други работи определени со Статутот на Универзитетот.