Универзитетскиот сенат е орган на управување и стручен орган кој го сочинуваат претставници од единиците на Универзитетот и од студентите.

Универзитетскиот сенат го избираат ректорот и проректорите на Универзитетот. Ректорот ја води седницата на Универзитетскиот сенат. Проректорите учествуваат во работата на Сенатот, без право на глас. Универзитетскиот сенат донесува Статут на Универзитетот, одлучува за наставната, научната, уметничката и високостручната дејност. Исто така, Сенатот ги усвојува студиските програми на факултетите и ги утврдува научните, односно уметничките области.

Универзитетскиот сенат донесува годишна и четиригодишна програма за развој и работа на Универзитетот, дава предлози на Националната програма за научноистражувачката дејност на Република Македонија, одлучува за доделувањето на титула почесен доктор на науки (doctor honoris causa) и звањето почесен професор на Универзитетот (profesor honoris causa). Сенатот врши и други работи утврдени со закон и со Статутот на Универзитетот.