На факултетите и академиите при Универзитетот „Гоце Делчев“ – Штип, се реализираат академски и стручни студии од прв и втор циклус и академски студии од трет циклус – докторски студии, кои се акредитирани од Одборот за акредитација и евалуација на високото образование и се усогласени со принципите на Болоњската декларација.
Студиите од прв циклус може да бидат академски студии во траење од три или четири години, при што студентите се стекнуваат со 180 или 240 ЕКТС. По завршувањето на студиите од прв циклус со 240 ЕКТС, студентот се стекнува со академска диплома со додавка од соодветната струка, а во меѓународниот промет академскиот назив што се користи по завршувањето на првиот циклус студии е baccalaureus односно baccalaurea.
Студиите од прв циклус студии може да бидат и стручни студии со стекнување на 180 ЕКТС. По завршувањето на овие студии студентот се стекнува со стручен назив со додавка од соодветната струка.
Студиите од втор циклус академски студии траат од една до две години, при што студентите се стекнуваат со 60 или 120 ЕКТС. По завршувањето на студиите студентот се стекнува со звање магистер или во меѓународниот промет master.
На Универзитетот се реализираат трет циклус- докторски студии во времетраење од најмалку три години или 180 ЕКТС. По завршувањето на студиите студентот се стекнува со научен назив доктор на науки (dr.sc).
Специјалистичките стручни студии се во траење од една година. По завршувањето студентите се стекнуваат со 60 ЕКТС.
На Универзитетот се реализираат основни студиски програми за регулирани професии од областа на:
- медицината во траење од најмалку шест години, 360 ЕКТС, а по завршувањето студентите се стекнуваат со звање дипломиран доктор на медицина
- фармацијата во траење од најмалку пет години, 300 ЕКТС, а по завршувањето студентите се стекнуваат со звање магистер по фармација
- стоматологијата во траење од пет години, 300 ЕКТС, а по завршувањето студентите се стекнуваат со звање дипломиран доктор по дентална медицина.
На Универзитетот се реализираат специјализациии и супспецијализации од областа на медицината, стоматологијата и фармацијата, кои се уредени со посебен закон. По завршувањето на специјализациите студентите се стекнува со стручен назив специјалист односно супспецијалист од соодветната гранка на специјализација или субспецијализација.
Универзитетот Гоце Делчев во декември 2019 година почна со воведување на учење од далечина преку користење на Microsoft платформа.
Заклучно со март 2020 година, повеќе од 4.400 студенти и 360 предавачи веќе секојдневно ги користеа алатките на Microsoft 365 за пристап, учење и споделување на содржини, а голем дел од факултетите паралелно со физичкото присуство и денес успешно спроведуваат онлајн предавања, испити и колоквиуми преку услугата Microsoft Teams. На овој начин Гоце Делчев стана првиот универзитет во С. Македонија со висока употреба на дигитални алатки и технологии кои се користат активно во наставата и образовниот процес, а преку оваа платформа спроведени се 11.000 онлајн предавања, 100.000 часови аудио инструкции и 50.000 часови видео инструкции.