Üçüncü döngüsünün öğretim programlarını Kampüs düzeyinde gerçekleştirmek için Üniversitede Doktora Programı için özel Öğretim-Bilim Konseyleri de kurulur.

Bu Konseyler, Doktora Programının danışmanı olarak akredite olan ve kampüsün kurulduğu bilimsel araştırma alanına ait profesörlerden oluşur.

Her Konsey, Konsey üyeleri arasından gelen bir Başkan tarafından yönetilir. Başkanın görev süresi 2 yıldır ve seçimi, ilgili yerleşkedeki Öğretim-Bilim Doktora Programı Konseyinin önerisi üzerine Rektör tarafından yapılır.

Kampüs düzeyindeki Doktora Programı Öğretim-Bilim Konseyi aşağıdaki yetkilere sahiptir:

• Üçüncü öğretim döngüsüne (Doktora Programı) kaydolma konusunda kararlar alır;
• Öğrencilerin üçüncü döngüsüne (Doktora Programı) kaydedilmesi için bir teklif ilanı hazırlar;
• Doktora Programına kayıt için ek koşulları belirler;
• Konusunun, tezlerin ve adayın uygunluğunun belirlenmesi için bir komisyon oluşturur; iç ve dış danışmanı belirler;
• Doktora tezinin değerlendirilmesi ve savunulması için bir komisyon oluşturur;
• Doktora tezinin ilerleyişi hakkında iç danışmanın raporunu gözden geçirir;
• İç danışmanın doktora tezinin son versiyonuna ilişkin raporu gözden geçirir;
• Doktora tezinin değerlendirme raporunu kabul eder ve kamu savunmasını planlar;
• Doktora öğrencilerinin kayıtlarına ilişkin ilan taslağını belirler;
• Doktora öğretimi için önerilen öğrenci sayısını ve öğrenim ücretini belirleyerek Üniversite Rektörlüğüne sunar;
• Üniversite düzeyinde ortak doktora (disiplinlerarası) öğretiminin düzenlenmesi konusunda önerilerde bulunur.

Doktora öğretimi için aşağıdaki Öğretim-Bilimsel Konseyler şu anda ÜGD düzeyinde faaliyet göstermektedir:

• Profesör Dr. Vineta Srebrenkoska’nin Başkan olduğu Kampüs 2 düzeyindeki Doktora Programının Öpretim-Bilim Konseyi
• Profesör Dr. Emiliya Yanviç-İvanovska’nın Başkan olduğu Kampüs 3 düzeyindeki Doktora Programının Öpretim-Bilim Konseyi ve
• Profesör Dr. Tsane Kotesi’nin Başkan olduğu Kampüs 4 düzeyindeki Doktora Programının Öpretim-Bilim Konseyi.