Во минатите академски години на Универзитетот „Гоце Делчев“ достапни биле следните студиски програми од трет циклус, распоредени по кампуси:
2016
2017
- Биотехнологија, селекција и семепроизводство
- Наука за земјиштето и хидроголија
- Поледелско производство
- Фитомедицина
- Преработка и контрола на анимални производи
- Енологија
- Лозарство
- Машинство
- Наука и технологија за композитни материјали
- Наука и технологија за текстил
- Применета геологија и геофизика
- Рударство
- Воспитаниe и образование во раниот детски развој
2018
2020
- Наоѓалишта на минерални суровини
- Геологија и геофизика
- Фитомедицина
- Лозарство
- Енологија
- Преработка и контрола на анимални производи
- Генетика и селекција на растително производство
- Растителна биотехнологија
2021
- Геологија и геофизика
- Петрологија минералогија и геохемија
- Фитомедицина
- Енологија
- Студиска програма Рударство – површинска експлоатација
- Инженерство за заштита на животна средина
- Инженерство за заштита на работна средина
- Хидрологија и геотехника
2022
2023
- Компјутерски науки и инженерство
- Инженерство за заштита на животна средина
- Инженерство за заштита на работна средина
- Подземна експлоатација
- Подготовка на минерални суровини
- Растително производство
- Фитомедицина – заштита на растенијата
- Генетика и селекција на растителното производство
- Растителна биотехнологија
- Енологија
- Наука за земјиштето и хидрологија
2017
- Аналитика на лекови
- Базични и клинички истражувања во дентална медицина
- Базични и клинички истражувања во медицината
- Медицински науки – биомедицина
- Невронауки
- Фармацевтски науки
2018
2019
2021
- Студиска програма Базични и клинички истражувања во дентална медицина
- Фармација
- Студиска програма Општа медицина-базични и клинички истражувања во медицинат
- Студиска програма 2021-22
2022
- Базични и клинички истражувања во дентална медицина
- Фармација
- Општа медицина-базични и клинички истражувања во медицинат
- Студиска програма 2021-22